Pour infirmer cette étude il suffirait d’appliquer à la lettre le mode d’emploi qui conduirait au SARS COV de Wuhan

Alex Washburne

@WashburneAlex écrit:

L’empreinte digitale de l’endonucléase indique une origine synthétique du SRAS-CoV-2 Un produit collaboratif par@VBruttel ,

@tony_vandongen et moi-même. Voici ce que nous avons trouvé : https://biorxiv.org/cgi/content/short/2022.10.18.512756v1…

Nous avons examiné si le SRAS-CoV-2 avait été synthétisé en laboratoire. Nous avons étudié une méthode courante de synthèse des CoV en laboratoire. On pensait que cette méthode ne laissait pas d’empreinte digitale. Nous avons trouvé l’empreinte digitale. Cette empreinte digitale se trouve dans le génome du SRAS-CoV-2.

Voici comment créer un CoV en laboratoire : Pour fabriquer un virus à ARN de 30 Ko en laboratoire, vous avez besoin d’un clone d’ADN de 30 Ko Pour assembler un clone d’ADN de 30 Ko, les scientifiques collent plusieurs fragments plus petits Une méthode populaire pour l’assemblage de l’ADN est le « assemblage du Golden Gate » https://en.wikipedia.org/wiki/Golden_Gate_Cloning…

L’assemblage du Golden Gate nécessite que la séquence d’ADN ait des sites de « coupe » spéciaux (sites de restriction de type IIS). Les sites de coupe créent des « extrémités collantes » de 3 à 4 nt Les extrémités collantes vous aident à « coller » des segments d’ADN ensemble, garantissant ainsi un assemblage fidèle de votre copie d’ADN de 30 Ko d’un génome viral.

Les virus à ARN comme les CoV ne sont pas sélectionnés spécifiquement pour ce type de copier-coller. Ainsi, les virus sauvages ont tendance à avoir des sites de copier-coller dispersés de manière aléatoire dans leur génome. Les chercheurs qui créent des virus dans un laboratoire ajouteront/supprimeront souvent des sites de coupure…

Nous avons collecté des exemples de clones infectieux CoV assemblés avec ces systèmes couper/coller de type IIS de 2000 à 2019. Nous avons constaté une tendance claire dans la manière dont les chercheurs avaient tendance à ajouter/supprimer des sites couper/coller.

Les chercheurs ont tendance à transformer les cartes de restrictions espacées de manière aléatoire en cartes à espacement régulier (A- B) . Un espacement régulier vient du désir de moins de fragments (généralement 5-8) tout en gardant les longueurs de fragments les plus longues faibles.

Les CoV conçus pour être des clones infectieux n’auront plus de cartes de restriction relevant de la distribution de type sauvage… Être des valeurs aberrantes dans la distribution de type sauvage, se situant dans la plage idéale en laboratoire du nombre de fragments et de la faible longueur du fragment le plus long

Après avoir trouvé cette empreinte digitale, nous examinons des sites spécifiques de couper/coller dans le génome du SRAS-CoV-2 (BsaI/BsmBI) BsaI + BsmBI sont des enzymes très appréciées pour ce type d’assemblage in vitro Ils possèdent également de nombreux sites conservés dans les CoV. Très utile pour fabriquer des chimères.

La carte de restriction SARS-CoV-2 BsaI/BsmBI se situe parfaitement dans la plage idéale pour un système de génétique inverse

Il s’agit d’une anomalie (1 %) parmi les CoV de type sauvage.

Il s’agit d’un point médian parmi les CoV techniques.

En digérant les CoV avec uniquement des enzymes de type IIS qui pourraient être utilisées pour l’assemblage, le SRAS-CoV-2 est une valeur aberrante encore plus grande Il se situe dans les 1 % inférieurs de la longueur maximale des fragments pour toutes les enzymes de restriction. Il s’agit de la plus grande valeur aberrante ( <0 0,07 %) sur 1 491 digestions de type IIS.

Nous avons ensuite testé l’hypothèse de l’assemblage en laboratoire Si le SRAS2 a une origine synthétique via le Golden Gate Assembly, plusieurs autres critères doivent être remplis. Par exemple : toutes les extrémités collantes doivent être uniques, non palindromiques et contenir au moins un A/T. Le SRAS2 a réussi ce test (60 % de chances que cela se produise)

Les mutations séparant les sites SARS-CoV-2 BsaI/BsmBI de ses proches parents doivent toutes être des mutations silencieuses.

Les 14 mutations dans les sites BsaI/BsmBI sont silencieuses.

84 % des mutations du SRAS2 et de ses proches parents sont silencieuses, donc 9 % de chances que les 14 mutations distinctes soient silencieuse

Il existe une concentration significativement plus élevée de mutations silencieuses par nucléotide dans les séquences de reconnaissance BsaI/BsmBI que dans le reste du génome.

P = 0,004 pour BANAL52-SARS2

P = 9e-8 pour RaTG13-SARS2

Il est peu probable qu’un tel système génétique inverse idéalisé évolue par hasard à partir des proches parents du SRAS-CoV-2. Il y a 1 % de mutants RaTG13 aléatoires ayant un score z aussi élevé ou supérieur et 0,1% de chance pour BANAL52.

En testant cela sous plusieurs angles, nous n’avons pas pu rejeter l’hypothèse selon laquelle le SRAS-CoV-2 aurait une origine synthétique. Chaque test a également réduit les chances que le SRAS-CoV-2 soit d’origine naturelle L’empreinte digitale BsaI/BsmBI du SARS-CoV-2 indique une origine synthétique du SARS-CoV-2.

Notre théorie d’une origine synthétique du SARS-CoV-2 peut et doit être testée. Des tests supplémentaires pourraient rejeter notre théorie Nous accueillons favorablement ces tests. Notre code est disponible sur GitHub et nous indiquons des recherches futures qui pourraient rejeter notre hypothèse et/ou affiner notre compréhension de cette problématique.